Стремление к единообразию боевой подготовки выразилось в появлении общефлотских руководящих документов. Среди них «Инструкция для изготовления корабля к бою», подготовленная в ГМШ в апреле 1900 года. «Инструкция» включала три раздела, посвященные мобилизации, приготовлению корабля к бою перед выходом в море и боевой тревоге. Работа особой комиссии по комплектации офицерами судов флота (1900-1901 годы) положила начало разработке типовых судовых расписаний, отвечавших новому уровню развития техники. В 1904 году были утверждены очередные «Правила для составления судовых расписаний», которые впервые дополнялись «образцовыми» расписаниями для строившихся серийно броненосцев «Князь Суворов», крейсеров «Олег» и «Жемчуг» 96. В этих правилах исчезли многие архаизмы переходного периода, которые предусматривали участие машинистов и кочегаров в абордажном бою и многочисленные стрелковые партии для поражения противника из ружей и пистолетов.
В 1901 году учреждаются два переходящих императорских приза для кораблей эскадры Тихого океана и Черноморского флота за лучшую стрельбу из орудий. 21 приз был установлен для поощрения командиров и инструкторов Учебно-артиллерийского отряда.
Вместе с тем, на боевой подготовке всё больше сказывались последствия длительного мирного времени и применение цензовой системы прохождения службы офицерами. Частые перемещения командиров и судовых офицеров, приоритет очередности назначений и последовательности производства в чины над личными качествами и способностями порождали боязнь ответственности за возможные происшествия и условности в отработке боевых упражнений. Большинство флагманов также следовало сложившимся обычаям, а «творчество» отдельных из них противоречило тенденциям развития военно- морского дела. Случалось, что «цензовые» командиры, не уверенные ни в себе, ни в подчиненных, обозначая положенные выстрелы минами Уайтхеда, просто выбрасывали за борт их боевые винты 97.
В боевой подготовке преобладали рейдовые учения, на которых сложные боевые упражнения отрабатывались по многочисленным отдельным элементам. После войны капитан 2-го ранга В.И.Семенов писал, что пресловутая «ведомость 286 учений» имела «огромное значение в превращении осмысленных занятий в механическое отбывание номеров» 98.
Чередование флагманов и командиров - следствие «цензовой» системы - при отсутствии единства тактических взглядов и недостатков организации не позволяло создать морской и тактической школы, подобной школам М.П.Лазарева или Г.Н.Бутакова. Балтийский флот постепенно превратился в депо для снабжения кораблей на Дальний Восток и в собрание учебных отрядов. Новые броненосцы и крейсера плавали на Балтике почти исключительно в отдельных отрядах судов, назначенных для испытаний. Несмотря на слабое противодействие адмирала П.П.Тыртова, с каждым годом всё больше боевых единиц зачислялось в учебные отряды - артиллерийский, минный, морского корпуса, которые вскоре стали доминировать над Практической эскадрой. Кампания 1898 года стала для нее последней: в следующем году эскадру переименовали в Учебную, а в 1900 году - преобразовали в Учебно-практический отряд 99, реальную боевую силу которого представляли миноносцы. В кампании 1903 года, с пополнением флота эскадренными миноносцами типа «Сокол» это соединение получило наименование Практический отряд обороны побережья Балтийского моря. Соединенные оборонительные отряды уже во время войны - летом 1904 года - непродолжительное время плавали под флагом главного командира Балтийского флота.
В кампании 1898 года Практической эскадрой (четыре броненосца, минный крейсер, восемь миноносцев) командовал вице-адмирал С.О.Макаров. Единственный из флагманов российского флота, он стремился направить боевую подготовку на решение тактических задач, приближенных к реальной обстановке морского сражения. При этом С.О.Макаров опирался на «Рассуждения по вопросам морской тактики», распространенные им на кораблях. В ходе эскадренных учений отрабатывались дневные и ночные атаки миноносцев с их отражением, артиллерийские стрельбы по пирамидальным щитам, по парусным лайбам (дистанция 7-11 кбт, по два боевых выстрела из крупных орудий), по береговым укреплениям. Используя специальные учебные зарядные отделения, броненосцы стреляли минами Уайтхеда друг в друга. Проверка организации борьбы за живучесть сопровождалась фактическим наливом воды водонепроницаемые отделения 100.
Каждое учебно-боевое упражнение командующий предварял приказом с постановкой задач и личным инструктажем командиров, а заканчивал критическим разбором. Интенсивные учения в сложной обстановке неизбежно приводили к повреждениям кораблей и их техники. С.О.Макаров не делал из этого проблемы и лично руководил исправлением миноносца «116», пробитого миной, и миноносца «110», который во время ночной атаки протаранил броненосец «Адмирал Ушаков». Оба корабля остались с эскадрой. Не получил взыскания и командир миноносца «110» лейтенант К.К.Юрасовский, стремившийся выпустить мину с кратчайшей дистанции.
В кампании 1899 года Учебной эскадрой (три броненосца, шесть миноносцев) командовал вице-адмирал В.П.Мессер, который не увлекался разработкой тактических правил, но весьма обстоятельно подошел к порученной ему проверке нового двухфлажного Свода морских эволюций. Однако командующий не имел полноценных отрядов крейсеров и эскадренных миноносцев и так и не смог испытать Свод в полном объеме. «Результаты более чем ничтожны» - честно докладывал В.П.Мессер управляющему министерством 101.
С 1900 года самым многочисленным соединением в летнем плавании на Балтике стал Учебно-артиллерийский отряд. Например, в кампании 1902 года он насчитывал семь броненосцев, два броненосных крейсера, минный крейсер, четыре миноносца и 4700 офицеров и матросов. Главным содержанием боевой подготовки отряда оставалась ежедневная однообразная отработка уроков стрельбы для комендоров. С 1902 года для стволиковых стрельб вместо 37-мм. начали применять стволы 47-мм пушек, что позволило увеличить дистанцию до 10-12 кбт. Но эти стрельбы, так же как и стрельбы боевыми зарядами и снарядами, проводились в обстановке далекой от возможных боевых условий. Так, командующие отрядом контр-адмиралы З.П.Рожественский (1900-1902 годы) и Д.Г.Фелькерзам (1903 год) предпочитали стрелять из крупных орудий по земляным сооружениям на острове Карлос. Хотя эти стрельбы проводились с дистанций 25-32 кбт - сравнительно больших для иностранных флотов - они не давали реальной картины управления огнем, так как корректура велась по хорошо заметным столбам дыма и пыли, а не по всплескам, типичным при стрельбе при стрельбе по морским целям.
Тактические учения на Учебно-артиллерийском отряде были редкостью. В 1901 году он участвовал в «соединенных маневрах сухопутных войск и флота», а в следующем году - в маневрах на Ревельском рейде в присутствии Николая II и его гостя - германского императора Вильгельма II. Первые маневры свелись к перевозке и высадке войск 23-й пехотной дивизии, усиленной судовым десантом (766 человек). Вторые явно носили показной характер и вызвали не совсем оправданные восторги отечественной и иностранной прессы по поводу точности стрельбы.
Чисто учебные задачи решались и в ежегодных плаваниях в Атлантику старых крейсеров «Генерал-Адмирал» и «Герцог Эдинбургский». Они служили хорошей школой морской выучки для офицеров, матросов и будущих строевых квартирмейстеров.
Единственный на Балтике быстроходный крейсер «Светлана" использовался в качестве яхты генерал-адмирала. Летом 1899 года «Светлана» под командованием капитана 1-го ранга К.Д.Нилова с великим князем Владимиром Александровичем на борту совершила поход в Архангельск и обратно. По пути крейсер посетил Екатерининскую гавань в Кольском заливе, где был основан порт Александровск (ныне - Полярный).
В августе-сентябре 1899 года официальный визит в Данию совершил броненосец береговой охраны «Генерал-адмирал Апраксин» под командованием капитана 1-го ранга В.В.Линдестрема. 13 ноября 1899 года на переходе из Кронштадта в Либаву этот броненосец в ненастную погоду выскочил на каменистую отмель у о.Гогланд в Финском заливе. Тяжелая авария, которая едва не привела к гибели корабля, явилась следствием не только ошибочных расчетов командира и штурмана (лейтенант П.П.Дурново), но и несовершенства средств кораблевождения того времени, а также слабого навигационного и оперативного оборудования театра. Последним возмутился даже Николай II, обративший внимание П.П.Тыртова на отсутствие телеграфа в «главнейших пунктах» Финского залива. Слабость аварийно- спасательных средств флота привела к тому, что работы по снятию броненосца затянулись до апреля 1900 года. Зато в достижении конечного успеха важную роль сыграли ледокол «Ермак» и радиосвязь, которые помогли спасти броненосец и отчасти подмоченную репутацию Морского ведомства. Ремонт "Апраксина" завершился в 1901 году.
В конце августа 1901 года крейсера «Светлана» и «Варяг» сопровождали императорскую яхту «Штандарт» с Николаем II, приглашенным на маневры германского флота в Данцигской бухте. В маневрах участвовали четырнадцать броненосцев - эскадренных и береговой обороны - не считая крейсеров и миноносцев. Флаг-капитан императора А.Ф.Гейден отметил хорошее состояние кораблей, четкие организацию, маневрирование и меткую стрельбу германского флота 102 - потенциального противника русских на Балтике. Зато в следующем году Вильгельм II и его адмиралы - Генрих Прусский и А.Тирпиц, наблюдая маневры на Ревельском рейде, с удовольствием отметили отсутствие у российского флота боевой эскадры. Хотя двум императорам в Ревеле были представлены новейшие броненосцы «Ретвизан» и «Победа», более крупные, чем любой корабль германского флота, было ясно, что они вскоре уйдут на Дальний Восток. Вильгельм II сознательно возбуждал дальневосточные амбиции своего дальнего родственника - российского императора, которого льстиво называл «Адмиралом Тихого океана».
В июне 1902 года броненосец «Победа» посетил Портсмут, где намечался традиционный парад флота, посвященный коронации английского короля Эдуарда VII.
Из визитов иностранных кораблей в Россию наиболее примечательным было посещение в 1901 году Кронштадта французской эскадрой под командованием адмирала Жерве.
В 1898 году, несмотря на отсутствие плана операций Балтийского флота на случай войны с Германией, было принято решение использовать Либаву в качестве передового пункта базирования новых крупных кораблей флота. В целях повышения боеготовности, по примеру Черноморского флота, зимой эти корабли находились в состоянии вооруженного резерва. 12-часовая готовность к выходу в море обеспечивалась постоянным пребыванием на борту одной трети команды.
Первыми в 1898/1899 году зимовали в Либаве броненосцы «Петропавловск», «Адмирал Ушаков» и мореходная лодка «Храбрый». В 1899/1900 году там базировались уже четыре броненосца - «Полтава», «Севастополь», «Адмирал Ушаков» и «Адмирал Сенявин». Такая дислокация кораблей в корне изменяла развертывание флота с началом боевых действий. В зимние месяцы обеспечивались как активные операции в южной Балтике, так и усиление эскадр в Средиземном море или в Тихом океане. Подобное было совершенно невозможно при базировании всего флота в замерзаемом на пять месяцев Кронштадте.
В то же время корабли в Либаве при внезапном начале войны с Германией могли оказаться в ловушке: порт находился в опасной близости от границы, а отступление на север для соединения с эскадрой из Кронштадта было проблематичным из-за ледостава и превосходства в силах германского флота. Уже в 1900 году Германия имела в кампании в европейских водах семь броненосцев, в том числе четыре эскадренных и три береговой обороны 103. Правда, русско-французский союз подавал надежду на частичное сковывание германских морских сил французской Северной эскадрой, которая насчитывала шесть эскадренных броненосцев. Однако в первые годы ХХ-го столетия германский флот быстро прогрессировал - в кампании 1904 года Вильгельм II держал под вымпелами уже девять эскадренных броненосцев, два новых броненосных и шесть бронепалубных крейсеров. Фактическая же боеготовность российского флота на Балтике зимой 1904 года не позволила даже отправить подкрепления на Дальний Восток.
Боеготовность Черноморского флота в целом была несколько выше, чем Балтийского. Его главные силы проводили зимнее время в вооруженном резерве в Севастополе. Четыре летних месяца четыре эскадренных броненосца с минными крейсерами, канонерскими лодками и миноносцами плавали в составе Практической эскадры. Ежегодно в кампании находились от 7,5 до 9 тысяч офицеров и матросов, около 3 тысяч которых практиковались в Учебном отряде. Сменивший Н.В.Копылова главный командир Черноморского флота вице-адмирал С.П.Тыртов (1898-1903 годы) не внес ничего нового в тактическую подготовку эскадры, которая к тому же затруднялась из-за отсутствия быстроходных крейсеров. Эскадренные стрельбы, в том числе боевыми снарядами, выполнялись по береговым укреплениям. Периодически проводились совместные с армией маневры по сценарию Босфорской экспедиции: нападающая сторона при поддержке артиллерии броненосцев высаживала крупные десанты в районе Севастополя.
Своеобразные итоги отработки совместных действий с армией были подведены после сентябрьских маневров 1904 года под руководством главного командира Черноморского флота вице-адмирала Г.П.Чухнина (1904-1906 годы). В состав десантной экспедиции входили броненосный (шесть эскадренных броненосцев), крейсерский (два крейсера, мореходная лодка, транспорт, четыре миноносца), минный (два минных крейсера, одиннадцать миноносцев), транспортный (шесть транспортов) флоты и 3172 человека десанта при восьми орудиях из состава Одесского военного округа. Высадка производилась в районе Ялты и показала достаточно высокий уровень организации, достигнутый благодаря прежним маневрам и обеспечивший согласованные действия как армии и флота, так и флотских соединений между собой. На берегу высадкой распоряжался комендант побережья, определявший места высадки людей и вооружения. Перевозочные десантные средства - десантные боты и паровые катера - подчинялись командиру морского батальона. Вместе с тем, в отчете была отмечена необходимость реорганизации всего «десантного транспортного дела» - устарелость и плохая конструкция ботов и катеров Военного ведомства при хорошей погоде затянули высадку более чем на 12 часов. При противодействии противника это могло привести к «полной неудаче десанта» 104.
Отчет содержал важный вывод: «В основание десантного дела необходимо положить принцип непрерывной и быстрой высадки». Для его реализации предлагалось построить специальные десантные понтоны, соединяющие транспорты с береговыми причалами, и моторные катера.
Командование Черноморским флотом вице-адмирала Н.И.Скрыдлова (1903-1904 годы) было отмечено эскадренной стрельбой по береговым укреплениям на Тендровской косе. 2 сентября 1903 года броненосцы «Три Святителя», «Ростислав», «Двенадцать апостолов» и «Екатерина II» с дистанций от 20 до 9 кбт выпустили по макету трехорудийной батареи 130 чугунных снарядов, из которых попали около 40 %, поразивших брустверы и «болванов» - обозначение прислуги. При этом 8 снарядов разорвались сразу после вылета из стволов «без вреда для орудий» и три были найдены не взорвавшимися 105. К этому тревожному факту в Морском министерстве отнеслись формально: решение о замене чугунных снарядов стальными было уже принято, оставалось только осуществить его на практике. Между тем, чугунные снаряды в большом количестве сохранялись в боекомплекте всех броненосцев и крейсеров. Вообще, из опыта ежегодных учебных стрельб Черноморского флота, по Тендровским укреплениям были сделаны неверные- слишком оптимистичные выводы об эффективности разрыва снарядов отечественной морской артиллерии. Сами стрельбы, как и стрельбы Учебно-артиллерийского отряда на Балтике, по условиям проведения были далеки от обстановки эскадренного сражения.
В 1898 году, с уходом броненосцев на Дальний Восток, эскадра Средиземного моря была преобразована в Отряд судов, которым командовал один из младших флагманов Балтийского флота. В эскадре состояли эскадренный броненосец «Император Александр II», а позднее - «Император Николай I», по одной балтийской и черноморской мореходной канонерской лодке и минный крейсер. Отряд пользовался гостеприимством дружественной Греции - портом в Пирее и стоянкой в бухте Суда на Крите. В районе Крита обычно проводились и учебные стрельбы.
Отряд судов в Средиземном море, поддерживая там политическое влияние России, приобретал серьезное военное значение в случае конфликта с Турцией, флот которой находился в упадке. В то же время мощный английский Средиземноморский флот, опираясь на Александрию, Мальту и Гибралтар, при неблагоприятной обстановке мог быстро заблокировать или уничтожить сравнительно малочисленные российские корабли. В 1898-1903 годах Средиземноморский отряд сохранял роль резерва для быстрого усиления эскадры Тихого океана, а само море служило своеобразной «перевалочной базой» для кораблей, идущих с Балтики на Дальний Восток. Зимой 1899/ 1900 года здесь побывал броненосец «Петропавловск», зимой 1900/1901 года - «Севастополь» и «Полтава», в 1901/1902 году - «Пересвет», а в 1902/1903 году - отряд контр-адмирала Э.А.Штакельберга, включавший «Ретвизан» и «Победу».
По пути в Тихий океан многие корабли выполняли важные политические миссии, связанные с заходами в порты иностранных государств. Так, крейсера «Варяг» и «Аскольд» посетили княжества Персидского залива, а броненосный крейсер «Громобой» под командованием капитана 1-го ранга К.П.Иессена в апреле 1901 года нанес визит в австралийский порт Мельбурн. За весь поход от Либавы до Владивостока, продолжавшийся с 28 ноября 1900 года по 17 июля 1902-го, «Громобой» прошел 19.207 миль, израсходовав 14268 тонн угля и 11271 тонн воды. Корабль показал «прекрасные» мореходные качества, а на испытаниях полного хода 1 ноября 1901 года у Владивостока развил более 18 узлов 106. Такие плавания служили хорошей школой морской выучки для офицеров и матросов и положительно сказались в 1904-1905 годах, позволив выполнить беспримерный переход 2-й Тихоокеанской эскадры с Балтики на Дальний Восток.
Эскадра Тихого океана в декабре 1897 года выполнила задачу занятия Порт-Артура. Для ее решения начальником эскадры вице-адмиралом Ф.В.Дубасовым были назначены крейсера 1-го ранга «Адмирал Нахимов», «Адмирал Корнилов» и мореходная канонерская лодка «Отважный» под командованием младшего флагмана контр-адмирала Н.А.- Реунова. Почти одновременно крейсер 1-го ранга «Дмитрий Донской» и лодки «Сивуч» и «Гремящий» прибыли в расположенный поблизости от Порт-Артура небольшой порт Талиенван. Английский Восточный флот наблюдал за действиями русских с помощью крейсеров, но не препятствовал им, а в мае 1898 года занял для Великобритании другую китайскую базу - Вей-хай-вей. 26 января 1898 года, согласно предписанию из Санкт-Петербурга в Порт-Артур прибыл начальник эскадры с крейсерами 1-го ранга «Память Азова» и «Рюрик». С этого времени зимой Порт-Артур стал местом постоянного базирования главных сил эскадры, которые перестали пользоваться для этого японскими портами. 16 марта 1898 года на сигнальной мачте Золотой горы был поднят Андреевский флаг 107
18 марта эскадра в Порт-Артуре была усилена прибывшими из Средиземного моря эскадренными броненосцами «Наварин» и «Сисой Великий». Но она еще долго сохраняла черты «крейсерской» эскадры, и начальник эскадры держал флаг на вместительном новом крейсере «Россия». Боевая подготовка в основном сводилась к прохождению отдельными кораблями курса учебных стрельб, а также к их походам в повышенной боевой готовности в различные порты и пункты на побережьях Китая и Кореи. Офицерский состав по приказанию Ф.В.Дубасова разрабатывал варианты тактического маневрирования и стрельбы на случай эскадренного боя с японскими или английскими флотами. В летние месяцы эскадра собиралась во Владивостоке, где корабли могли пользоваться доком для ремонта. Единственная эскадренная боевая стрельба была проведена в январе 1899 года по специально сооруженному береговому укреплению в Талиенване. При стрельбе выявилась низкая эффективность воздействия на земляные укрепления новых фугасных снарядов.
В сентябре 1898 года сухопутные войска и крепостная артиллерия Порт-Артура были переданы в подчинение армейского генерала - «начальника Квантунского полуострова и командующего войсками, расположенными на оном», который получил права военного губернатора и не подчинялся начальнику эскадры Тихого океана. Тем самым в отдельно расположенном российском владении - на Квантуне не оказалось лица, объединяющего руководство армией и флотом. В декабре 1899 года этот недостаток был устранен с прибытием главного начальника сухопутных войск Квантунской области и командующего морскими силами Тихого океана вице-адмирала Е.И.Алексеева. Однако в 1903 году, с созданием на Дальнем Востоке особого наместничества, на Квантунском полуострове вновь стало два самостоятельных начальника - сухопутный генерал и адмирал - начальник эскадры Тихого океана. Отсутствие единого руководства силами армии и флота в этом важнейшем районе пагубно сказалось во время русско-японской войны.
1 августа 1899 года в командование эскадрой Тихого океана вступил вице-адмирал Я.А.Гильтербрандт. Новыми элементами боевой подготовки в начале 1900 года стали 6-часовая проба броненосцев и больших крейсеров на полный ход и вспомогательные стрельбы по движущимся щитам, изображавшим модели кораблей различных типов 1М. В апреле 1900 года эскадра участвовала в больших совместных маневрах под общим руководством вице-адмирала Алексеева. Нападающей стороне на маневрах была поставлена задача внезапной высадки десанта на Квантуне для захвата Порт-Артура. В составе сил этой стороны под флагом Гильтебрандта действовали три эскадренных броненосца, в том числе только что прибывший на Дальний Восток «Петропавловск» и четыре крейсера 1-го ранга. Десант в составе 1213 человек и 43 лошадей высаживался с боевых кораблей.
Эскадра отработала также блокадные действия у Порт- Артура, при этом выяснились преимущества ночного эскадренного плавания без огней. В отчете, составленном флаг-капитаном эскадры капитаном 2-го ранга Л.А. Брусиловым, отмечалось, что успех наступающей стороны во многом объяснялся обособленностью береговой обороны от флота, которому предлагалось передать все приморские укрепления. Опыт маневром вскоре был использован в боевой обстановке.