На 1 декабря 1941 года японский подводный флот состоял из шестидесяти единиц (не считая карликовых подводных лодок): около двух десятков крейсерских подводных лодок: примерно столько же эскадренных типа "Kaidai", которые были меньше по размеру, обладали такой же скоростью, но меньшей дальностью плавания, четыре крупных минных заградителя и десятка полтора лодок среднего водоизмещения: последние - старых проектов и уже отжившие свой век. В отличие от немцев японцы не рассчитывали применять подводный флот против торговых судов. Их дивизионы были подготовлены для ведения боевых действий совместно с надводными кораблями. Крейсерские подводные лодки должны были помогать вести разведку. Подводные лодки "Kaidai" были сведены в дивизионы сопровождения основных соединений линейных кораблей и крейсеров. Максимум внимания был уделен тренировкам в плавании в надводном положении лодок так как показатели подводного плавания были посредственны

Строительство подводных лодок в Германии в 1918 году вдохновило японских инженеров. Их первые крейсерские лодки были копиями немецких типа U -139 (во французском флоте "Hallbronn"), а подводные минные заградители были скопированы с немецких подводных лодок типа U-125, переданных Японии в 1920 году. Последние обладали ограниченной скоростью хода и малой маневренностью, что не удовлетворяло японский флот. В 1940 году их снабдили резервуаром с бензином, установленным на палубе для заправки самолетов.

Все крейсерские подводные лодки имели одинаковый корпус и один и тот же тип двигателя, но оборудование у них было различное. Многие из них были оснащены таким образом, что могли служить флагманскими кораблями соединений с каютами для штаба и хорошими средствами связи. Одинадцать из них несли на борту одноместный разведывательный гидросамолет со скоростью 165 км. в час и трехчасовой автономностью действия Как правило, этот самолет находился в ангаре цилиндрической формы с толстыми стенками и герметической дверью. расположенном впереди боевой рубки. Доступ в ангар был устроен изнутри лодки. Самолет взлетал с помощью катапульты, расположенной на носу. Лодки, не имеющие ангара, имели торпедное вооружение, и во время внезапных нападений на Пирл-Харбор Сидней и Диего-Суарес именно эти лодки доставили каждая по одной карликовой подводной лодке Крейсерские лодки имели мощное вооружение, состоящее из одного или двух 140- мм. орудий, одной-двух спаренных 25-мм. зенитных установок. шести-восьми осевых торпедных труб калибром 533 мм и 17-20 торпед. Радиус действия достигал 16-20 тысяч миль при скорости 15-16 узлов

В начале войны (декабрь 1941 года) е постройке находились сорок подводных лодок по программе 1939 и 1940 годов. Из них пятнадцать крейсерских лодок, десять типа "Kaidai", остальные лодки были среднего тоннажа. Кораблестроительные программы последующих лет включали постройку лодок других конструкций. Не считая пятнадцати подводных крейсеров, все они являлись кораблями новых типов, разработанных еще в 1939 году. Если в этот период на японских инженеров и оказывали влияние немецкие конструкции лодок, однако, нельзя сказать, что японцы копировали проекты лодок, утвержденные немецким командованием, и японские подводные лодки 1942-45 годов имели совершенно отличные от немецких тактико-технические данные. В 1943 году японцы купили две немецкие подводные лодки типа U-VII. Первая из них U-511 была передана Японии ее экипажем в августе 1943 года и получила новое наименование Ro-500. Лодка подверглась целому ряду испытаний для ознакомления с ней японских инженеров. Вторая лодка, названая Ro-501. была передана японскому экипажу прямо на верфи в Киле. Сам экипаж прибыл в Германию на японской крейсерской лодке I-8. 13 мая 1944 года следуя в Японию. Ro-501 была потоплена в Атлантическом океане американским эсминцем.

Большая часть крейсерских лодок, заложенных в 1941 году и позднее, составили типы 1-15 и 1-16. вступившие в строй в декабре 1941 года. Однако некоторые из них имели меньшую скорость в надводном положении (17.7 узлов вместо 23.6), но зато радиус действия у них был больше. В 1943 году было решено прекратить строительство этих лодок, так как опыт и особенности боев за Соломоновы острова показали, что они слишком легко обнаруживаются как в надводном положении (с помощью радара), так и в подводном (с помощью сонара). Оказалось также, что лодки такой конструкции сильно уязвимы для глубинных бомб из-за больших размеров а также из-за применения клепаных недостаточно прочных соединений. Возможности уклонения от огня противника и ее маневренность в подводном положении были недостаточны для того, чтобы отразить удары американских эсминцев действовавших в Атлантике против немецких лодок и получивших большой опыт борьбы.

По личному настоянию адмирала Ямамото японцы, однако, продолжали постройку нескольких крейсерских подводных лодок-авианосцев, которые должны были внезапно нападать на стратегически важные пункты и в частности на шлюзы Панамского канала. Два типа таких специальных кораблей были все же построены. Это лодки типов I-400 и I-13.

Подводные лодки типа I-400 являлись самыми крупными лодками в мире. Было запланировано построить 18 таких лодок, но заложено было только пять. Боевая рубка, имевшая форму горизонтально расположенного толстого цилиндра, соединена с прочным корпусом, но не прочно, а только боком и удерживала в равновесии цилиндрической формы ангар длиной 34 метра имевший ход изнутри и вмещавший три гидросамолета-бомбардировщика или торпедоносца, принимавших на борт по четыре торпеды каждый или по три бомбы весом 800 кг., или двенадцать бомб по 250 кг. На носу подводной лодки у правого борта имелась катапульта длиной 35 м. а у левого борта поворотный кран для подъема гидросамолетов на борт. Для того чтобы существовало соответствие между ограниченной осадкой лодки и необходимой для ее мореходных качеств шириной прочный корпус лодки состоял из двух, соединенных вместе в форме восьмерки. цилиндров. В целях маскировки лодки в надводном положении, она могла оснащаться ложными трубами.

Подводные лодки типа I -13 были лодками обычного типа, которые были срочно переоборудованы в подводные авианосцы. Противоминные наделки (були) в значительной мере увеличивали их ширину, что давало возможность устроить на них ангар, подобный ангару подводной лодки I-400, но вмещавший всего два самолета. Однако атака Панамского канала так и не состоялась. Часть лодок этих типов приняли участие в операции по захвату американских островов Улити, имевшей место в последние недели войны.

С 1942 года японцы прекратили строительство подводных лодок типа "Kaidai", переключившись на постройку менее крупных лодок типа Ro-35, конструкция которых несколько напоминала лодки типов Ro-ЗЗ и Ro- 34. вошедшие в строй в 1935-37 годах. Эти лодки были аналогичны немецким типа U-IX, но с более упрощенной конструкцией. Они получили высокую оценку японских моряков, так как оказались очень маневренными и обладали хорошими мореходными качествами. Подводная лодка типа Ro-100, еще более меньших размеров и которую можно сравнить с немецкими лодками типа U- II и британскими типа V, была разработана для защиты воздушных баз, расположенных на островах Тихого океана. Лодки типа Ro-100 были еще более простой конструкции, чем предшественницы, что значительно облегчило их строительство. Срок их постройки составлял около двенадцати месяцев.

Следом за этим японцы начали строить лодки, подобные немецким U-XXI и U-XXIII. Это были лодки типов I -201 и На-201. Командующий японским подводным флотом адмирал Мива ранее занимавший пост начальника управления строительства подводных лодок, заявил, что японские инженеры пришли к тем же выводам что и немецкие своими собственными изысканиями, а не путем подражания последним. Это заявление выглядит вполне обоснованным, так как японцы еще в 1937 году включили в кораблестроительную программу одну опытную лодку Nr.71, которая должна была развивать под водой скорость хода в 25 узлов. Эта лодка в августе 1938 года в Куре была подготовлена к испытаниям и служила в течение своей непродолжительной жизни только как опытовое экспериментальное судно, однако вместо скорости 18-25 узлов была достигнута в надводном положении скорость в 13 узлов, а в подводном 20.5 узлов. Строительство этой лодки сохранялось в глубокой тайне. Подводные лодки типов I -201 и На-201 также имели скорость подводного хода большую чем надводного хода 19 узлов против 13. Следовательно лодки типа I -201 оказались более быстроходны, чем немецкие U-XXI. Кроме того, японские лодки имели "шнорхель", легкие дизели MAN аккумуляторные батареи большой емкости, сварной корпус сильно вытянутой формы. Немецкие лодки превосходили японских собратьев в вооружении и дальности хода. Головной корабль японской серии был заложен на пять недель раньше чем первая немецкая лодка серии U-XXI.

Лодки типа На-201 были заложены только в начале 1945 года, когда над Японией нависла угроза американского вторжения. Головная лодка была построена в короткий срок - за три месяца и была полностью оснащена 31 мая 1945 года. Эти небольшие лодки обладали автономностью 15 суток. Результаты испытаний оказались отличными. Оба типа лодок - 1-201 и На-201 - строились секционным методом и собирались по частям на стапелях.

Во время войны японцы в большом количестве построили транспортные подводные лодки, которые использовались для снабжения изолированных гарнизонов на островах в Тихом океане. Подводные лодки типа I- 361 были спроектированы для проведения диверсионных и внезапных амфибийных операций. На юте у них помещались две десантные баржи, устроенные в специальной надстройке. Каждая лодка могла брать на борт один отряд морских пехотинцев из 110 человек и 62.5 тонн груза или боевой техники. Все это помещалось внутри прочного корпуса, кроме того, каждая лодка могла брать еще около 20 тонн грузов во внешние отсеки. Электроприборы лодки помогали быстрому осуществлению разгрузки. Два носовых торпедных аппарата после первых же испытаний лодки были сняты с них из-за их весьма сомнительной необходимости, а также из-за создания больших волн при ходе над водой.

В 1944 году несколько крейсерских лодок старых проектов были переоборудованы в подводные транспорты, также оснащенные одной десантной баржой. Но еще задолго до начала этих работ отмечались случаи использования крейсерских лодок и лодок типа "Kaidai" в качестве заправщиков, как, например, в бою за Гвадалканал. По программе предполагалось строительство новых двухсот подводных лодок, но острый дефицит листовой стали, а также тот факт, что должного внимания на строительство лодок обращено не было, плюс возрастающая сила налетов американской авиации - все это сделало невозможным дальнейшую постройку подводных лодок в Японии. Однако заметим, что из двадцати восьми заложенных подводных транспортов только три не были полностью достроены и в боевых действиях участия не приняли.