Во время первой атаки японских самолетов на Пирл-Харбор военно-морская верфь не подверглась сильным ударам. Несколько торпед были выпущены по судам, стоящим недалеко от пирса 1010, а также несколько пикирующих бомбардировщиков произвели штурмовку в районе сухого дока, после чего сразу же перенацелились на объекты, расположенные южнее.

Одна из авиационных торпед попала в легкий крейсер «Helena». Взрывом разворотило борт в районе энергетической установки, и два машинных отделения оказались затоплены. Повреждения оказались существенны, но не смертельны. Иной оказалась судьба ошвартованного рядом с крейсером минного заградителя «Oglala». Это было старое пассажирское судно, переоборудованное для военных целей. Тем же взрывом торпеды, который повредил борт крейсера «Helena», была также сильно смята подводная часть левого борта минного заградителя. Образовалась сильная течь, которую в обстановке страшной суматохи так и не удалось взять под контроль. Приблизительно через два часа мин-заг «Oglala» перевернулся через левый борт и затонул рядом с пирсом 1010.

Во время второй атаки на Пирл-Харбор японские бомбардировщики, в том числе пикирующие, уделили военно-морской верфи гораздо больше внимания. Особенно сухому доку №1, в котором в то время находился флагманский корабль Тихоокеанского флота США «Pennsylvania» и два эскадренных миноносца «Cassin» и «Downes». Во время штурмовки сухого дока часть японских самолетов отвлеклась на оказавшийся рядом линейный корабль «Nevada», проходивший в это время по главному каналу. Но, тем не менее, крепко досталось и кораблям в доке. Одна бомба попала в среднюю часть линейного корабля «Pennsylvania». Повреждения были незначительны, но при взрыве погибли 18 человек. Несколько бомб ударили в эсминцы и рядом с ними. На них взрывами оказались повреждены топливные цистерны, в которых еще были остатки топлива. В результате образовалось несколько сильных пожаров, имели место и взрывы боеприпасов. На «Downes» взорвалась боевая часть торпеды, добавив новые разрушения к тем, что были вызваны японскими бомбами. В конце концов, была разрушена часть батапорта дока, и он стал заполняться водой. При этом «Cassin» частично всплыл над кильблоками и, опрокидываясь, навалился на стоящий рядом «Downes».

Примерно в это же время пикирующие бомбардировщики нанесли удар по эсминцу «Shaw». Этот корабль готовился к постановке в плавучий док YFD-2, но к началу нападения японцев еще оставался на воде. Взрывами на «Shaw» был вызван ряд пожаров, которые в итоге привели к взрыву боевых погребов носовых орудий. В носовой части произошел разлом корпуса, и нос эсминца отломился от корпуса. Остальная часть корпуса уцелела. От пожаров на эсминце загорелся также находившийся в доке YFD-2 небольшой буксир «Sotoyomo», который в результате оказался полностью сожжен огнем. Помимо этого авиабомбами был поврежден корпус легкого крейсера «Honolulu», стоявшего вместе с другими корабля у пирса в северо-восточной части верфи. На нем повреждения оказались незначительными.

Но в целом, благодаря нацеленности японских самолетов на конкретные значимые цели - линейные корабли - инфраструктура предприятия и жизненно-важное оборудование верфи остались практически нетронутыми. Уже в ближайшие часы все средства были направлены для спасения поврежденных кораблей и для выполнения наиболее срочных ремонтных работ.